Evaluación de una técnica de hibridación reversa para identificación rápida de micobacterias en Chile / Evaluation of a reverse hybridization assay for the identification of Mycobacterium in Chile

Objective: Identification for Mycobacterium assay based in the new technology of reverse hybridization DNA probe assay was evaluated (Line Probe Assays-LiPAs). Methods: 74 strains belonging to 23 mycobacterial species or complex classified previously by classical biochemical methods, genetic probes and PRA (patterns of restriction analysis), with and without specific pattern expected to be identified at specie level were analysed.The utilized test, GenoType CM (Hain Lifescience, Nehren, Alemania), is able of identifying 14 of the most common mycobacterial species after a multiplex PCR technique targeting a 23S rRNA gene region followed by reverse hybridization technology. Results: Sensitivity of 94.0 percent (95 percent CI: 84.4-98.0 percent) and specificity of 88.0 percent (95 percent CI:46.7-99.3 percent) were obtained with the assay. Conclusion: GenoType CM is an appropriated tool for the identification of Mycobacteria, rapid, sensitive, operational in the current working conditions of the National Reference Laboratory of Mycobacteria in Chile and it might constitute a real breakthrough for shortening the time delay in the procedure, providing a better opportunity to use treatment only in cases where it is required.

Objetivos: Se evalúa una técnica para la identificación de micobacterias basada en la nueva tecnología de hibridación en tiras con sondas (Line Probe Assays-LiPAs). Métodos: Se analizaron 74 cepas, correspondientes a 23 especies y/o complejos, preclasificadas mediante pruebas bioquímicas tradicionales, sondas genéticas y PRA (análisis de patrones de restricción), identificables y no identi-ficables a nivel de especie por el kit utilizado. El kit evaluado, GenoType CM (Hain Lifescience, Nehren, Alemania), permite la identificación genética molecular de 14 de las especies micobacterianas más comunes, mediante una PCR múltiple e hibridación reversa del producto en tiras con sondas de regiones genéticas de ARNr de 23S. Resultados: Con la utilización de este ensayo para identificación de Micobacterias se obtuvo 94,0 por ciento(CI95 por ciento 84,4-98,0) de sensibilidad y 88,0 por ciento (CI95 por ciento 46,7-99,3) de especificidad totales. Conclusiones: Se concluye que GenoType CM constituye una herramienta adecuada para la identificación de micobacterias, rápida, sensible, operativa en las actuales condiciones de trabajo del Laboratorio de Referencia Nacional de Micobacterias en Chile y que podría constituir un avance para el acortamiento en los tiempos que demora el proceso, lo que implica una mejor oportunidad de aplicación de tratamiento sólo en los casos en que éste sea requerido.

Frecuencia de micobacterias ambientales en Chile en el año 2008 / Frequency of environmental mycobacterium in Chile: 2008

Objective: To know the frequency of environmental mycobacterium isolations in Chile in the year 2008. Methods: 600 AFB (acid fast bacilli) positive cultures from 22 laboratories of Tuberculosis Bacteriology of the different Network Health Services that constitute the Tuberculosis Control Program of the country were studied, during four months at 2008. 545 (90.8 percent) were pulmonary and 55 (9.2 percent) extra pulmonary. Acid fast bacilli smears were confirmed by Ziehl Neelsen and identification of mycobacteria species or complex were identified by traditional tests according to Runyon classification and biochemical tests, genetic probes and pattern analysis restriction (PRA). Results: 585 cultures were appropriated for inclusion in the study. In 91.3 percent (n = 534) of the cases Mycobacterium tuberculosis was isolated while 0.3 percent was Mycobacterium bovis subspecie BCG (n = 3) and 8.4 percent (n = 48) corresponded to environmental mycobacterium. Of the latter, Mycobacterium kansasii (2.6 percent), Mycobacterium avium-intracellulare (1.5 percent) and Mycobacterium chelonae (1.0 percent) were the most commonly isolated. Conclusion: According to the figures of this study and comparing them with studies of previous years (1988 and 1998) it is concluded that the number of environmental mycobacterium isolated has been relatively constant during the last decade, as well as the species, more commonly isolated.

Objetivos: Conocer la frecuencia de aislamientos de micobacterias ambientales en Chile en el año 2008. Material y Métodos: Se recibieron 600 cultivos desde 22 laboratorios de Bacteriología de la Tuberculosis de los distintos Servicios de Salud de la red que comprende el Programa de Control de la Tuberculosis del país, durante un período de cuatro meses del año 2008. Quinientos cuarenta y cinco (90,8 por ciento) correspondieron a localización pulmonar y 55 (9,2 por ciento) a extrapulmonar. Se confirmó la alcohol-ácido resistencia por tinción de Ziehl Neelsen y para la identificación de especies o complejos micobacterianos se utilizaron pruebas tradicionales y bioquímicas de acuerdo al criterio de clasificación de Runyon, sondas genéticas y análisis de patrones de restricción (PRA). Resultados: De los 600 cultivos recibidos, 585fueron aptos para ser incluidos en el estudio. De éstos, en el 91,3 por ciento (n = 534) de los casos se aisló Mycobacterium tuberculosis, en un 0,3 por ciento Mycobacterium bovis subespecie BCG (n = 3) y un 8,4 por ciento (n = 48) correspondió a micobacterias ambientales. De estas últimas, Mycobacterium kansasii (2,6 por ciento), Mycobacterium avium-intracellulare (1,5 por ciento) y Mycobacterium chelonae (1,0 por ciento) fueron las más comúnmente aisladas. Conclusiones: De acuerdo a las cifras obtenidas en este estudio y comparadas con estudios de años anteriores (1988 y 1998) se concluye que el número de aislamientos de micobacterias ambientales permaneció relativamente constante esta última década, como también las especies más comúnmente aisladas.